Das Dorf Mühlhausen ist ein Ortsteil der Stadt Neustadt an der Donau im Landkreis Kelheim (Niederbayern) und gehört zur Hallertau. 

Regensburg befindet sich in nordöstlicher Richtung 45 km, Ingolstadt in westlicher Richtung 35 km entfernt. München liegt 90 km südlich des Ortes.